El Instituto Confucio de la USFQ es parte del Confucius Institute del Gobierno de la República Popular China:
La USFQ, a través del Departamento de Ingeniería Industrial, forma parte de la red de aliados académicos del Centro Latinoamericano de Innovación en Logística, miembro para Latinoamérica del MIT Global Supply Chain and Logistics Excellence (SCALE) Network.
La Universidad San Francisco de Quito ha entrado en alianza con Capella University. Profesores y staff USFQ reciben un 10% de descuento en todos los cursos ofrecidos por Capella University. Más información: www.capella.edu/usfq